L’episodio storico alla base dell’opera è la campagna d’Egitto di Giulio Cesare nel 48-47 a. C.: Cesare giunge in Egitto per inseguire il nemico Pompeo, in fuga dopo la sconfitta di Farsalo. Cornelia, moglie di Pompeo, e suo figlio Sesto invocano clemenza e il condottiero promette una riappacificazione, ma essi ignorano che il re d’Egitto Tolomeo ha fatto uccidere il fuggitivo nella speranza di entrare nelle grazie di Cesare. Questi, però, quando il comandante egiziano Achilla gli porta la testa del nemico, è sdegnato di fronte a un gesto così empio. Achilla riferisce al re la reazione di Cesare e si impegna a ucciderlo in cambio della mano di Cornelia, di cui è innamorato. Cleopatra, sorella di Tolomeo, vede in Cesare un prezioso alleato per conquistare il trono d’Egitto, cui aspira in quanto primogenita; dapprima cerca di sedurre il condottiero romano presentandosi come Lidia, una fanciulla del suo seguito, ma poi si innamora davvero e rivela la propria identità. Nello scontro tra romani ed egiziani la sorte arride inizialmente a Tolomeo: Cornelia e Sesto cadono nelle mani nemiche dopo che il giovane ha tentato di uccidere il re, Cleopatra viene imprigionata e pare che Cesare sia perito in mare. In verità egli è salvo e sconfigge le truppe di Tolomeo con l’aiuto di Sesto e di Achilla, che ha abbandonato il suo re perché gli ha negato la mano di Cornelia e muore sul campo di battaglia. Tolomeo, ancora ignaro dell’esito dello scontro, cerca di conquistare Cornelia ma viene ucciso da Sesto che riesce finalmente a compiere la sua vendetta. Cesare affida a Cleopatra il regno d’Egitto e tutti festeggiano il ritorno della pace.