ACTE I
Les habitants de la ville de Titipu sont rassemblés. Le ménestrel Nanki-Poo entre alors sur scène et se présente. Il demande à la ronde des nouvelles de sa dulcinée, Yum-Yum, laquelle est fiancée au tailleur Ko-Ko.
Nanki-Poo a appris que Ko-Ko avait été condamné à mort pour flirt, et voit là une occasion de pouvoir s'entretenir avec Yum-Yum. Pish-Tush, un gentilhomme de passage, lui rappelle que le Mikado a effectivement passé un décret condamnant à mort les coureurs de jupons, causant de vives inquiétudes parmi toutes les couches de la population. Mais la lettre de la loi a été utilisée pour détourner l'esprit du décret : le premier sur la liste à devoir être exécuté, Ko-Ko, a été promu au rang de Haut-Bourreau. Il lui faudrait donc se couper lui-même la tête avant de couper celle des autres. Ceci ayant peu de chances de se produire, les exécutions sont suspendues.
De plus, le rang de Haut-Bourreau est le rang plus élevé auquel un citoyen peut prétendre. Les haut-fonctionnaires de l'état ne pouvant supporter être sous les ordres d'un ancien tailleur, ont tous démissionné. Seul Pooh-Bah s'est porté volontaire pour occuper tous leurs postes à la fois (et toucher tous leurs salaires).
Pooh-Bah apprend à Nanki-Poo que Yum-Yum épousera Ko-Ko dans la journée lorsqu'elle rentrera de l'école.
Ko-Ko fait son entrée sur scène. Il apprend à la population que si un jour il doit agir professionnellement, il a une petite liste de personnes à exécuter, parasites de la société et enquiquineurs, qui ne manqueront à personne.
Yum-Yum et deux de ses sœurs adoptives, Peep-Bo et Pitti-Sing, reviennent de leur école de jeunes filles.
Nanki-Poo annonce à Ko-Ko son amour pour Yum-Yum. Ko-Ko ne s'en formalise pas mais le fait dégager. Ko-Ko invite ensuite ses filles à présenter leurs respects à Pooh-Bah avec les respects dus à son rang, mais ce dernier ne veut pas de formalités.
Nanki-Poo arrive à s'entretenir avec Yum-Yum et lui apprend qu'il est le fils du Mikado, et a donc le rang qu'il sied pour l'épouser. Il lui révèle également qu'il a été contraint à se déguiser en ménestrel pour fuir une vieille femme de la cour de son père, Katisha, qui le poursuit de ses assiduités. Nanki-Poo et Yum-Yum se lamentent sur leur sort qui les empêche d'être unis.
Pish-Tush révèle qu'il est porteur d'un nouveau décret du Mikado. Si aucune exécution n'est menée dans le mois, le rang de Haut-Bourreau sera supprimé et la ville perdra son statut de cité et deviendra un village, ce qui occasionnera sa ruine. Ko-Ko s'interroge sur la personne à exécuter. Pish-Tush et Pooh-Bah lui font remarquer qu'il est le premier sur la liste des condamnés à morts. Ko-Ko fait remarquer que l'auto-décapitation est extrêmement difficile, dangereux, et que le suicide est un crime capital. Il nomme Pooh-Bah Haut-substitut, mais ce dernier refuse prestement cet honneur.
Ko-Ko se rend compte que Nanki-Poo est sur le point de se suicider par désespoir. Ko-Ko tente de le dissuader de cette idée dans un premier temps, puis passe un marché avec lui : il autorisera Nanki-Poo à épouser Yum-Yum si, au terme du mois, il accepte de se faire exécuter.
Le mariage de Nanki-Poo et Yum-Yum est célébré par la foule, mais les réjouissances sont interrompues par l'arrivée de Katisha qui réclame Nanki-Poo en épousailles. La foule est sympathique à Nanki-Poo et incite Katisha à partir. Elle essaie de dévoiler le secret de Nanki-Poo, mais les chants de la foule couvrent sa voix. Elle quitta la scène en jurant vengeance.
ACTE II
Yum-Yum se fait coiffer pour son mariage et s'extasie devant sa propre beauté, allant à se comparer à la Lune et au Soleil. Nanki-Poo cherche à se remonter le moral face à la courte durée de leur union. Malheureusement Ko-Ko arrive avec de mauvaises nouvelles : selon une loi du Mikado, la femme d'un condamné à mort doit être enterrée vive. Cette loi n'avait jamais été exécutée car le seul crime puni de mort est le flirt, lequel n'est pas pratiqué par les hommes mariés.
L'idée du mariage apparut moins attrayante à Yum-Yum et Nanki-Poo hésite entre tenir sa promesse de se marier et vouer sa femme à une mort horrible, ou se faire exécuter avant le mariage, et savoir que Ko-Ko épousera Yum-Yum .
Tous apprennent l'arrivée imminente du Mikado. Nanki-Poo demande à ce que Ko-Ko le décapite séance tenante, mais il s'avère que Ko-Ko a trop bon coeur et est incapable de tuer ne serait-ce qu'une mouche. Ko-Ko envoie Nanki-Poo et Yum-Yum se marier en cachette et promet de mentir au Mikado et de présenter de fausses preuves du bon déroulement de l'exécution.
Le Mikado arrive avec sa procession, accompagné de Katisha, laquelle ne manque pas la moindre occasion de se mettre en avant. Le Mikado se présente comme un philanthrope, qui aspire à ce qu'un jour son système de punition soit parfait. Ko-Ko, croyant que le Mikado vient vérifier le bon déroulement de l'exécution, invente une description fort imagée de celle-ci, aidé de Pitti-Sing et Pooh-Bah, ce dernier représentant nombre de témoins.
Le Mikado annonce cependant le véritable objet de sa visite : il est à la recherche de son fils. Apprenant le nom du fils du Mikado, tous paniquent, et prétendent que celui-ci est parti à l'étranger. Mais Katisha lit le nom du condamné à mort sur les certificats de décès.
Le Mikado se montre pleinement compréhensif, mais malheureusement une loi punit les régicides, même par ignorance. Le Mikado discute avec Katisha des tortures horribles qui attendent Ko-Ko, Pooh-Bah et Pitti-Sing.
En attendant son exécution, Ko-Ko tente de convaincre Nanki-Poo de revenir, mais celui-ci redoute Katisha. Il propose à Ko-Ko de la demander en mariage : une fois celle-ci mariée, elle ne pourra plus nuire à Nanki-Poo et il pourra sortir de sa retraite sans crainte. L'idée ne plait guère à Ko-Ko, mais il s'y résigne.
Trouvant Katisha en train de porter le deuil de Nanki-Poo, il se jette à ses pieds et la demande en mariage. Katisha le rejette au début, puis se montre sensible et accepte.
Une fois le mariage célébré, elle demande au Mikado grâce pour Ko-Ko et ses compagnons. Nanki-Poo se présente alors, provoquant la fureur de Katisha.
Le Mikado est étonné de voir Nanki-Poo en vie alors qu'on lui avait décrit l'exécution avec force détails. Ko-Ko se justifie en expliquant que dès lors qu'un ordre impérial a été proclamé, le condamné est légalement mort avant même son exécution, et que s'il est mort, pourquoi ne pas le dire? L'explication ravit le Mikado et Titipu célèbre le mariage de Nanki-Poo et Yum-Yum.