PROLOG - Der Gefangene
Alvaro, der Gouverneur von Peru, ist in die Hände feindlicher Inkas gefallen und soll zu Tode gefoltert werden. Otumbo, der den Stamm anführt, hat mit den Martern begonnen. Überraschend taucht der eigentliche Führer der Inkas, Zamoro, auf, der von allen für tot gehalten wurde, weil er in die Hände der Spanier gefallen war. Zamoro berichtet von seiner wunderbaren Rettung, will keinen Krieg gegen Greise führen und lässt den alten Spanier frei. Als Zamoro hört, dass seine Braut Alzira in spanischer Gefangenschaft ist, beschliesst er, sie zu befreien und die Spanier mit einem neu aufgestellten Heer aus dem Land zu jagen.
ERSTER AKT - Leben für Leben
Alvaro ist nach Lima zurückgekehrt und übergibt die Statthalterschaft an seinen tatkräftigen Sohn Gusmano. Dieser verkündet einen Friedensschluss zwischen Spaniern und Inkas und teilt mit, dass sich Ataliba unterworfen und ihm die Hand seiner Tochter Alzira versprochen hat. Der Häuptling bittet Gusmano um Geduld, weil Alzira immer noch um ihren toten Verlobten Zamoro trauert.
Alzira lebt mit Zuma und anderen Frauen gefangen in Lima, sie denkt immer an Zamoros Schicksal. Als sie von ihrem Vater hört, dass Gusmano ihre Hand begehrt, weigert sie sich. Ataliba entfernt sich zornig. Kaum ist der Fürst gegangen, als der totgeglaubte Zamoro in den Kleidern eines einfachen Kriegers kommt. Überglücklich fallen sich die Liebenden in die Arme und schwören ewige Treue. Dabei werden sie von Gusmano überrascht, der seinen Rivalen verhaften und zur Hinrichtung bringen lässt. In diesem Augenblick tritt Alvaro ein, erkennt Zamoro und bittet, die Inkas freizulassen. Nach einigem Zögern entschliesst sich Gusmano dazu, zumal in der Ferne der Lärm anrückender Krieger zu hören ist. Dann eilt er zu seinen Soldaten. Er und Zamoro schwören, sich gegenseitig zu töten.
ZWEITER AKT - Die Rache eines Wilden
Die Spanier haben das Inkaheer vernichtend geschlagen. Zamoro, zahlreiche Krieger und Alzira sind wieder in ihren Händen. Zamoro soll auf dem Scheiterhaufen verbrannt werden, Alzira bittet Gusmano um Gnade, die dieser unter der Bedingung gewährt, dass sie ihn heiratet. Alzira willigt schliesslich ein, beklagt aber ihr Los. Gusmano gesteht seine Liebe.
Zamoro ist freigelassen worden und trifft sich mit den letzten seiner Getreuen, darunter auch Otumbo. Er trauert um die erneut verlorene Geliebte, doch Otumbo sagt ihm, dass Alzira ihn vergessen hat und Gusmano heiraten wird. Zamoro beschliesst, sich als Spanier zu verkleiden und sich auf der Hochzeit an dem Gouverneur zu rächen.
Die Hochzeitsfeterlichkeiten haben begonnen, Gusmano stellt seine zukünftige Frau vor, die sich völlig gebrochen den Tod wünscht. Unbemerkt stürzt Zamoro in spanischer Uniform herein und stösst Gusmano den Dolch in die Brust, gibt sich dann zu erkennen und fordert die Spanier auf, ihn zu töten, damit die untreue Alzira ihn beweinen könne. Gusmano verzeiht seinem Mörder und lässt ihn mit Alzira frei. Dann stirbt er in den Armen seines Vaters, der, wie alle Anwesenden, den Edelmut des Sterbenden preist.