La vicenda, ambientata nel 1797 e ispirata a fatti storici realmente accaduti (i continui casi di ammutinamento che allora si verificavano nella marina militare inglese a causa delle terribili condizioni di vita) è inquadrata da un prologo e da un epilogo (una delle poche infedeltà dei librettisti al romanzo di Melville) e affidata alle memorie del capitano Vere, imbarcato in quegli anni sul vascello da guerra ‘Indomitable’. Nel prologo il capitano, assalito dai dubbi, medita sul suo passato. Ricorda quell’estate del 1797 quando, durante la guerra con la Francia, a bordo dell’‘Indomitable’ un vento di idee rivoluzionarie turbava l’equipaggio. Con i primi due atti la vicenda ritorna agli avvenimenti accaduti a bordo del vascello durante quegli anni. I marinai sono scontenti per la durezza del regime di bordo. Un giovane novizio viene condannato, per futili motivi, a essere frustato. Una barca ritorna da una spedizione di arruolamento forzato: tre nuove reclute salgono a bordo. Claggart, il maestro d’armi, procede all’interrogatorio. Fra i tre il solo Billy Budd si dichiara contento di essere arruolato. Preso dall’entusiasmo lancia il suo addio alla vecchia nave mercantile sulla quale lavorava: ‘Rights o’ Man’ (I diritti dell’uomo). L’esclamazione viene fraintesa dall’ufficiale, il quale inizia a sospettare che sotto l’aspetto del bel marinaio si celi un agitatore politico. Il sospetto cresce. Claggart, deciso a tutto pur di distruggere Billy, che odia in modo irrazionale e parossistico, corrompe il novizio e lo incarica di coinvolgere Budd in un tentativo di ammutinamento. Billy lo scaccia sdegnato. L’azione distruttiva di Claggart prosegue: durante l’inseguimento di una nave nemica denuncia per ammutinamento Billy al capitano Vere. Questi chiede un confronto tra i due e Billy Budd, incapace di parlare perché assalito da improvvisa balbuzie, colpisce con un pugno Claggart uccidendolo. Vere è costretto a portare Billy di fronte a una corte marziale straordinaria, che lo condanna all’impiccagione. Nell’epilogo Vere è torturato dai rimorsi per non aver salvato il giovane marinaio, che in cuor suo sapeva innocente. Tuttavia, quale atto di estrema fedeltà, Billy morendo lo ha benedetto e Vere in tal modo sente di essere stato ‘redento’.