Il soggetto, di insolita ambientazione sudamericana («in Lima e in altre contrade del Perù verso la metà del secolo XVI»), ripropone un tradizionale intreccio amoroso, sia pure con un esito meno tragico del consueto, che si accompagna, come spesso in Verdi, a motivi patriottici: Zamoro, capotribù peruviano creduto morto, intercede per la vita di Alvaro condannato a morte dai ribelli fedeli a Otumbo. Gusmano, figlio di Alvaro, prendendo il comando delle truppe spagnole, stipula con gli indigeni una fittizia pace chiedendo in cambio la mano di Alzira, un tempo amante di Zamoro. La fanciulla, che non ha mai smesso di sperare in un ritorno dell’amato (“Da Gusman, su fragil barca”), rifiuta per restargli fedele. Quando Zamoro improvvisamente ritorna, i due si riabbracciano (“Risorge ne’ tuoi lumi”) ma Gusmano fa arrestare il rivale (“Teco sperai combattere”). Alvaro, che non ha dimenticato il gesto di generosità di Zamoro, riesce a ottenerne la liberazione ma, in un successivo scontro, l’eroe peruviano viene nuovamente imprigionato. In cambio della sua scarcerazione, Alzira promette a Gusmano di sposarlo ma Zamoro, riuscito a fuggire ugualmente, colpisce a morte l’odiato rivale mentre sta per sposare la giovane. Morendo, Gusmano benedice le nozze dei due amanti.